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Vecchio 13-09-2003, 10.34.20   #1
the real weasle
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Ligandfit Gira Piano - Why / Perchè?

Innanzitutto Ligandfit lavora molto intensamente con la CPU e quindi qualsiasi attività che gira sul vostro PC (anche in background) può avere un effetto anche grande sui tempi con cui le molecole vengono processati (“Crunchati”). Anche la marca e il modello del processore possono avere un effetto non indifferente.

Giusto per darvi un idea dei tempi per ‘crunchare’ le molecole per processori di diverse marche e velocità. Questi sono dati osservati per delle proteine con 40 Ligand e presume che il PC sia acceso 24 ore al giorno per 7 giorni la settimana (24/7) e che UD sia l’applicazione primaria:

AMD Athlon XP1900+ (1.6GHz) WU completato in 8->12 ore: Tempo tra salvataggi 10->30 mins
AMD Athlon T-Bird 900MHz WU completato in 18 -> 26 hours: Tempo tra salvataggi 30 -> 60 mins
AMD Athlon 750MHz WU completato in 21 -> 30 hours: Tempo tra salvataggi 30 -> 120 mins

Intel Pentium 3 667MHZ WU completato in 28 -> 32 hours: Tempo tra salvataggi 60 -> 120 mins
Intel Celeron 1.2GHz WU completato in 11 -> 14 hours: Tempo tra salvataggi 10 -> 30 mins
Intel Pentium Pro 200MHz WU completato in 120 -> 140 hours: Tempo tra salvataggi 3 -> 5 hours

I tempi di effettivo completamento varia moltissimo tra diverse unita di lavoro (Work Units o WU) e diverse proteine. Inoltre i tempi sopra sono solo degli esempi. Da quando sono state prese i dati le unità di lavoro sono diverse con tempi diversi. I tempi di completamento che ho visto io andavano da un paio di ore per alcune molecole a decine di giorni!

Questo spiega la differenza tra sistemi, ora per eventuali spiegazioni di altre motivazioni che possono influire sul tempo che il vostro PC ci mette a completare le WU.

ALTRI PROGRAMMI
Potrebbe essere sorprendente sapere che molte volte ci sono programmi attivi sui vostri PC di cui probabilmente ignorate assolutamente la loro presenza. Windows molte volte le lancia in background senza che noi ci accorgiamo della loro presenza. Molte volte questi programmi non hanno bisogno di essere presenti per far funzionare correttamente il vostro PC. Il risultato è che questi processi/applicazioni utilizzano il CPU del vostro PC impedendone l’utilizzo da parte di United Devices (o Grid o Ligandfit – insomma la pillolina blu per la ricerca sul cancro). In alcune segnalazioni questi extra processi utilizzavano addirittura oltre il 90% della CPU lasciando molto poco per UD. Può non essere ovvio con l’utilizzo normale del PC ma impatta moltissimo su UD in quanto UD utilizza solo la parte libera della CPU che non viene utilizzato per altri programmi. Se la CPU non è ‘libera’ UD può funzionare in maniera lentissima, anche su PC veloci.

Vedi più avanti la sezione dedicata a come visualizzare questi extra programmi.

AVETE UN VIRUS O UN CAVALLO DI TROIA
Un'altra causa che può rallentare i tempi per completare una proteina sono la presenza di virus o ‘trojan’ che utilizzano la cicli liberi della vostra CPU.
L’unica raccomandazione è di installare ed utilizzare programmi antivirus in maniera sistematica e continua, nonché aggiornare i file di definizione dei virus.

Alcuni programmi antivirus comuni (da acquistare) sono:
*Norton Anti-Virus Da Symantec
*McAfee Anti-Virus Da McAfee

Anti-Virus (online scanners)
*Trend Micro Online Scanner per un controllo gratuito online.
*Symantec Security Check

Spyware/Trojan detectors
*Spybot Search & Destroy Da Patrick M. Kolla (free)
*AD-Aware Da Lavasoft (gratuito)
*PestPatrol Da Pestpatrol -prova gratuita
*TrojanHunter Da Mischel Internet Security (prova gratuita)
*Tauscan Da Agnitum Products
*BOClean Da Privacy Software Corp. (acquisto)

L’UTILIZZO CHE FATE DEL VOSTRO PC
Se utilizzate il vostro PC per brevi periodi e poi lo spegnete il tempo di completamento dell’unita di lavoro o WU sarà allungato. Se utilizzate poco il PC il WU potrebbe raggiungere il timeout e quindi verrebbe abortito dal sistema senza che voi contribuiate minimamente al progetto. Questo è particolarmente vero per i PC più lenti. Il processo iniziale di generazione della rete e i salvataggi successivi possono durare anche delle ore. Se il processo iniziale di calcolo della ‘Energy Grid’ e il calcolo della Ligand successiva dura 3 ore ma voi tenete il PC acceso per 2 ore l’unità di lavoro non sarà mai completata. Quindi se utilizzate il PC solo per qualche ora al giorno potrebbe essere che non riusciate a completare nessun lavoro.

Reboot frequenti rallentano molto i calcoli in quanto ogni volta il PC ritorna all’ultimo punto dove ha salvato, e riparte con il calcolo della Energy Grid e poi la Ligand successiva. Più lento è il vostro processore più tempo perderete in quanto il tempo che trascorre tra un salvataggio e l’altro si allunga.

Qualsiasi salva schermo o screensaver rallenta i tempi di calcolo. Dopo tutto il PC deve anche ‘calcolare’ il disegno sullo schermo e questo utilizza il processore del vostro computer. Se dovete o volete utilizzare uno salvaschermo suggerisco di utilizzare quello che annerisce soltanto lo schermo. Non utilizzare quello di United Devices in quanto è particolarmente pesante da disegnare.

IL DEGRADO DI WINDOWS!!!
Per chi utilizza il PC 24/7 Windows può ‘perdere’ le risorse di sistema e la memoria (i programmi possono utilizzare sempre più memoria mentre sono attivi e poi quando si chiudono non restituiscono sempre tutto quello che hanno utilizzato). Questo è particolarmente valido per le versioni più vecchie di Windows (Win 9x e ME) che richiedono reboot frequenti (anche ogni giorno) rispetto a Win NT / Win 2k e Win XP che possiedono un memory manager migliore.

Per le versioni più vecchie ci sono alcune utilità che possono allungare i tempi con la quale i PC necessitano di reboot in quanto gestiscono la memoria (RAM) del PC meglio di Windows. Chi ha scritto questa FAQ in versione mal di testa (Inglese) utilizza RamIdle e funziona molto bene.

*CacheMan 5 Da Outer Technologies.
*MemTurbo II Da Silicon Prairie Software.
*RamBooster Da J.Pajula.
*RamIdle Da TweakNow, Inc.

Suggerisco anche di tenere deframmentato il disco fisso in quanto se si tiene acceso il PC per lunghi periodi UD può alimentare al frammentazione in quanto alla fine di ogni Ligand salva sul disco fisso.

IL PROCESSORE E’ TROPPO LENTO
Se avete un processore con una velocità inferiore a 200 Mhz (processor rating sotto i 20 punti) è molto probabile che non riusciate a finire una WU nelle 250 ore permesse prima del timeout. Questo punto potrebbe variare in base alle ligand da processare. Se siete in questa situazione suggerisco di trovare un altro progetto di Distributed Computing da utilizzare sul vostro PC e magari iniziare una TEAM Wintricks anche li!. Un elenco aggiornato di progetti si possono trovare Internet-based Distributed Computing Projects qui.

NB: Per avere qualsiasi possibilità di completare le WU su un PC lento è assolutamente indispensabile lasciarlo acceso 24/7 –24 ore al giorno, 7 giorni la settimana- . Questo dovuto alla fase di creazione della Energy Grid e il completamento della prima molecola prima che il programma faccia il primo salvataggio. Per esempio, per un Pentium 1 da 200 Mhz il primo salvataggio potrebbe succedere dopo 15 ore – ( 5 ore per generare l’Energy Grid e 10 ore per ‘crunchare’ la prima molecola) – se uno spegne o fa un reboot prima di questo punto di salvataggio tutto il tempo sarà letteralmente perso / buttato via. Quando uno riaccende il PC dovrà ripartire dal punto precedente. Visto che non sarà stato salvato niente nel nostro esempio se si continua a riaccendere il PC entro le 15 ore non riuscirete a oltrepassare il primo ligand/molecola e il WU raggiungerà il timeout relativo al ora assoluta (wallclock time) e al 19esimo giorno la WU verrà abortita. Si raccomanda di utilizzare uno dei programmi (per esempio UD Monitor) che vi danno la possibilità di sapere quando è stato l’ultimo salvataggio in modo da sapere quanto tempo perderete in caso si spegnimento o reboot. Links to 3rd Party Utilities

La FAQ continua

Ultima modifica di the real weasle : 14-09-2003 alle ore 10.34.10
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Vecchio 13-09-2003, 19.19.10   #2
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ALTRI PROGETTI DI CALCOLO DISTRIBUITO NELLO STESSO TEMPO
Se fate andare più di un progetto di calcolo distribuito nello stesso momento (per esempio Ud e SETI) allora le WU ci metteranno molto di più perché dovrete utilizzare lo stesso tempo di idle time (tempo morto della CPU quando non sta facendo nulla d’altro) del CPU per entrambi i progetti. Alcuni progetti DC cooperano bene insieme ma altri tipo SETI si prende tutto il tempo della CPU e quindi non lascia nessuno spazio a UD. La mia raccomandazione è di far andare solo un progetto di calcolo distribuito alla volta. Se avete un PC con processori multipli potrete far andare un progetto su un processore e un altro progetto con l’altro processore. UD non supporta multi processing – quindi non potete far andare due copie di UD sullo stesso PC (almeno non ufficialmente)!

COME VISUALIZZARE QUELLO CHE E’ ATTIVO SUL VOSTRO PC
Come si fa a vedere i programmi attivi sul vostro PC? La risposta semplice e utilizzare un TASK MANAGER. Questo è un programma che visualizza quali sono i programmi attivi sul vostro PC e che proporzione di CPU / RAM stanno utilizzando. Windows 9x e ME non hanno un task manager incorporato e potranno scaricarne uno mentre chi utilizza WIN NT / 2k / XP hanno un task manager all’interno del sistema operativo.
Per chi utilizza WIN 9x o ME ci sono due taskmanagers da scaricare:


*TaskInfo 2003 Da Igor M Arsenin
*Another Task Manager 3 Da Enrico Del Fante.(Viva L'Italia!)


Per chi utilizza WIN 9x o ME basta far partire il programma scaricato mentre per WIN NT/2k/XP basta fare click con il tasto destro del mouse nella zona in fondo allo schermo (questa non lo sapevo!) o eseguire il saluto a 3 dita (CTRL+ALT+CANC) e selezionare il Task Manager.

Quando vedete cosa c’è attivo sul vostro PC nella finestra dei processi, controllate che percentuale di tempo CPU utilizza il programma ud_ligfit_release.exe. Questo è il programma principale di UD che fa tutto il lavoro. Idealmente dovrebbe essere oltre 90% se non ci sono altre applicazioni attive (specialmente quelle di grafica o giochi per esempio che utilizzano tanto la CPU). Se non è oltre il 90% verificate quali altri programmi /applicazioni utilizzano il tempo CPU. Se ci sono applicazioni che ne fanno un utilizzo intensivo bisognerà verificare se sono realmente necessari sul vostro PC. Visto che ci sono centinaia di applicazioni possibili non vi posso aiutare. Postate un messaggio sul forum e prima o poi qualcuno vi risponderà!!!
Per un sito che vi può dare un idea delle possibili applicazioni in background e quello che fanno potete dare un occhiata qui (se non vi viene il mal di testa leggendo in Inglese) StartUp Content.


COME AUMENTARE LA VELOCITA DI CRUNCH!
La Ligandfit Client utilizza tantissimo il processore (processor / math intensive) pertanto l’unico modo reale per aumentare la vostra velocità e con un processore più veloce. Aggiungendo RAM può dare una mano, ma solo di poco – a meno che l’aggiunta di RAM aumenti la velocità di Windows in generale – ma questo credo sia un caso limite. Aumentando la dimensione del disco fisso non fa nessuna differenze e neanche incrementando la velocità di connessione ad internet.

Per ottimizzare la velocità di Crunch:
*Assicuratevi che i programmi / applicazioni attivi siano strettamente necessari al PC in modo da dare il massimo della CPU a UD.
*Fate un upgrade al vostro processore (dopo la vincita al Superenalotto! – cambiare la scheda madre, e aumentare la RAM sta diventando sempre meno costoso oggi giorno).
*Fate andare il vostro PC 24/7 senza screen saver. LASCIATE SEMPRE ACCESO IL PC! Non lo danneggerete e UD andrà al massimo.
*Se dovete usare lo screensaver utilizzare quella Vuota / Blank – basta spegnere il monitor quando non ci siete.
*Più lento è il vostro PC più importante è che lo lasciate acceso.
*Non settate UD come ‘only as a screen saver’ nel profile di UD.
*Cercate di minimizzare i reboot in quanto questo spreca tempo e la UD agent deve ripartire a calcolare la Energy Grid dall’ultimo punto in cui ha effettuato un salvataggio.
*Chi si collega ad internet tramite modem e linea telefonica può utilizzare UD Monitor per utilizzare la funzione di cache per avere più di una WU in coda.
*Overclock il processore o il Front Side Bus (FSB) – non ci capisco niente, sto solo traducendo…

UN ULTIMA COSA…
Ottimizzando il vostro sistema operativo non solo farà andare più veloce il lavoro di UD ma ridurrà sensibilmente la possibilità di altri problemi.

BUON LAVORO


L'originale si può trovare qua:FAQ - Ligandfit is running slow. Why?


Ultima modifica di the real weasle : 14-09-2003 alle ore 10.35.48
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Vecchio 13-09-2003, 20.34.24   #3
TyDany
WT Italian Team Leader
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Registrato: 07-11-2001
Loc.: Everywhere with Monster Fede: Desmocredente
Messaggi: 7.677
TyDany promette bene
Ottimo lavoro TRW (Y) domani se sto meglio linko le tue faq e gli altri topic in un unico topic in modo di renderle facili da trovare
___________________________________


www.TyDany.it News! -> Il mio sito... la mia vita e le mie passioni...
TyFoto.it -> TyDany Fotografia, fotografie sportive, ritratti, paesaggi...
Tutto quello che è stato ora non è più... come un colpo di spugna che tutto cancella...
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