[LoryOne]

Per quel che ne so, il campo contatore è un campo intero lungo progressivo che fa riferimento al numero di record, ossia di righe. Proprio per questa sua caratteristica, è utilizzato preferibilmente come chiave primaria.
Potresti creare un'ulteriore tabella ordinata in base ad una query order by [having] (insert into tabella select ... from ... [where] order by .... [having]) che comprende già il campo contatore che viene incrementato automaticamente; poi eliminare la tabella originale ricreando le eventuali relazioni tra tabelle.
In pratica, fare quel che vuoi evitare.
Nel caso decidessi di procedere, annotati non solo le relazioni, ma anche le eventuali operazioni di aggiornamento/cancellazione ad esse associate e che il motore Jet esegue automaticamente, una volta impostate.