Provato a lanciarlo dal prompt
Chkdsk /F (/F ripara gli errori sul disco)
Riguardo la memoria insufficente a gestire i 40 Giga, può essere che la poca memoria che hai non sia sufficiente e il sistema di chieda di chiudere qualcosa senza sapere cosa hai in esecuzione, se
HiJackThis è compatibile con Win98 verifica se ci sono chiavi in esecuzione e magari le fixi definitivamente.