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Visualizza versione completa : Nuova proteina aggiunta


Puppauz
21-01-2003, 23.29.04
A new protein has been placed in production. RAS (821p)

This new protein has 30 ligands per workunit. The protein file should ud_1637755 for those of you interested.

This protein appears to vary somewhat more than the other proteins from ligand to ligand. Time outs for 821p are set to 300 hours (12.5 days) for CPU Time and 500 hours (20.8 days) for Wall clock timeout.

Thanks
paul


Questo é riportato dal loro forum! :)

TyDany
21-01-2003, 23.52.23
Parte la caccia alla nuova proteina :p

Domani se trovo un sec faccio un giro dei pc al lav ;)

Puppauz
12-02-2003, 22.07.17
Riutilizzo questo thread per non crearne un altro...
Ennesima proteina lanciata nella sfida contro il cancro... :)
A new protein for cancer has been loaded C-ABL Tyrosine Kinase (1iep). The workunits have 80 molecules per workunit and timeouts are set at 2 weeks CPU time and 3 weeks Wall Clock

TyDany
12-02-2003, 22.57.34
Io per adesso sui pc che posso vedere ho sempre le solite, cmq grazie della segnalazione ;)

Puppauz
15-02-2003, 20.47.03
La nuova proteina é abbastanza veloce!
Sul pc a casa (Athlon XP 1900+) ne sforno una ogni 5/6 ore, mentre per quella precedente arrivavo alle 16/20 ore...

Puppauz
26-02-2003, 21.11.24
Altra nuova proteina! :)

A new protein for the Cancer project has been placed in production. RAF (1C1Y)

This new protein has 27 ligands per workunit. The protein file should ud_1878678 for those of you interested.

Time outs for 1C1Y are set to 336 hours (2 weeks) for CPU Time and 504 hours (3 weeks) for Wall clock timeout.

Puppauz
26-02-2003, 21.28.17
Ne mancano ancora molte da fare... :)

Puppauz
25-05-2003, 15.44.25
You will soon start to see a new protein for the Smallpox project. This protein is simply identified as Model 3. It is the thrid in a set of seven protein models named this way.

The new protein has 110 ligands per wu. The protein file is ud_2940551 for those of you interested.

Time outs for Model 3 remain the same.

Thank You
paul

Nuova proteina di Smallpox, 3a di una serie di 7.
Se guardate potrete accorgervene dal download richiesto di circa 250KB.
:)

TyDany
25-05-2003, 19.17.38
Ma non si vedono più le diverse proteine come con la vecchia versione? A me sembrano tutte uguali :confused:

Puppauz
25-05-2003, 23.09.52
Il disegno rimane lo stesso, anzi, in alcune non c'é proprio!
Cambierà qualcosa a livello molecolare...
Fatto sta che i nomi non compaiono ancora e UD non sembrerebbe intenzionata a modificare il client per farli visualizzare...
:)

TyDany
25-05-2003, 23.19.04
Mi dispiace, mi piaceva molto con il vecchio client vedere le varie proteine, cmq quello che conta è lo scopo ;)

Grazie.

Puppauz
06-06-2003, 20.09.44
You will soon start to see a new protein for the Smallpox project. This protein is simply identified as Model 4. It is the fourth in a set of seven protein models named this way.

The new protein has 110 ligands per wu. The protein file is ud_2940552 for those of you interested.

Time outs for Model 4 remain the same.

Thank You
paul


Come scritto sopra é stata rilasciata oggi una nuova proteina... :)

TyDany
06-06-2003, 20.36.00
Thanx ;)

Puppauz
19-06-2003, 20.12.20
You will soon start to see a new protein for the Smallpox project. This protein is simply identified as Model 6. It is the fifth in a set of seven protein models named this way.

The new protein has 110 ligands per wu. The protein file is ud_2940553 for those of you interested.

Time outs for Model 6 remain the same. Before anyone asks there is no Model 5.

Thank You
paul


Quinta proteina sulla Smallpox di 7... ;)

the real weasle
30-06-2003, 09.46.12
You will soon start to see a new protein for the Smallpox project. This protein is simply identified as Model 8. It is the sixth in a set of seven protein models named this way.

The new protein has 110 ligands per wu. The protein file is ud_2940554 for those of you interested.

Time outs for Model 8 remain the same. Before anyone asks there is no Model 7.

Thank You
paul

--------------------
Paul Gentle
moose@ud.com
United Devices
System Admin


Nuova proteina nella ricerca contro il vaiolo. Si chiama modello 8. La 7 non esiste. (?)
Chi utilizza UD Monitor dovrebbe aggiungere la riga al file ud_mon.ini:

2940554=LF: SPOX-M8

nella sezione relative alle proteine.

Ciao a tutti.

Riassunto:
Vaiolo base 5 Feb 2003
Model 1 - 19 Apr 2003 - 73 giorni
Model 2 - 9 Mag 2003 - 20 giorni
Model 3 - 24 Mag 2003 - 15 giorni
Model 4 - 6 Giu 2003 - 13 giorni
Model 6 - 19 Giu 2003 - 13 giorni
Model 8 - 30 Giu 2003 - 11 giorni

Puppauz
30-06-2003, 12.53.23
grazie ;)

Puppauz
30-06-2003, 12.54.35
DA dove hai preso l'informazione sugli 11 giorni della Model 8 appena uscita? :confused:
;)

the real weasle
30-06-2003, 14.20.56
err... magari non è chiaro il mio msg. Ci abbiamo messo 11 giorni per finire il model 6 (che non è detto visto che ci potrebbero essere ancora in giro entrambi - questo non lo so.)

Il model 6 è uscito il 19 giugno.
Il model 8 è uscito il 30 giugno.
differenza = 11 giorni.

Puppauz
30-06-2003, 21.20.41
ah, tu intendevi i giorni internedi tra l'uscita di una proteina e poi l'altra... Messi così sembravano i tempi di completamento della proteina...
Comunque le model 6 non sono finite, ma neanche le 4...
Continuiamo a crunchare le proteine più volte prima di terminarle!
E' quasi impossibile stabilire quando si finisca definitivamente una proteina... ;)

the real weasle
12-07-2003, 09.04.53
Nuova proteina ieri sul tardi.

You will soon start to see a new protein for the Smallpox project. This protein is simply identified as Model 10. It is the last in a set of seven protein models named this way.

The new protein has 110 ligands per wu. The protein file is ud_2940555 for those of you interested.

Time outs for Model 10 remain the same. Before anyone asks there is no Model 9.

La proteina si chiama modello 10 ed è l'ultima di questa serie.
Inoltre per chi utilizza UD Monitor dovete aggiungere la seguente riga al file UD_MON.ini:

2940555=LF: SPOX-M10

Ciao!

realtebo
12-07-2003, 10.22.17
scusatemi se mi inserisco, deduco che questo sia un progetto di calcolo distribuito, avendo ADSL vorrei unirmi... da dove partire ?

the real weasle
12-07-2003, 12.48.07
Benvenuto, Realtebo.

Il punto di partenza del programmino ufficiale è qui e si chiama United Devices o Grid.Org (http://www.grid.org/home.htm)

Come te la cavi con l'inglese? Sembra che a molti qui su questo forum viene il mal di testa :D

Invece in Italiano le spiegazioni le puoi trovare sulla nostra pagina http://www.wintricks.it/folding.html

Per qualsiasi info riposta magari in questo thread http://www.wintricks.it/forum/showthread.php?s=&threadid=52866 e qualcuno ti darà una mano.

Mi devo staccare dal PC altrimenti rischio con la mia dolce metà!!!
Scappo, ciao.

Puppauz
12-07-2003, 13.04.11
Originariamente inviato da the real weasle
Nuova proteina ieri sul tardi.

You will soon start to see a new protein for the Smallpox project. This protein is simply identified as Model 10. It is the last in a set of seven protein models named this way.

The new protein has 110 ligands per wu. The protein file is ud_2940555 for those of you interested.

Time outs for Model 10 remain the same. Before anyone asks there is no Model 9.

La proteina si chiama modello 10 ed è l'ultima di questa serie.
Inoltre per chi utilizza UD Monitor dovete aggiungere la seguente riga al file UD_MON.ini:

2940555=LF: SPOX-M10

Ciao!
Grazie! :)

Puppauz
12-07-2003, 13.06.05
Originariamente inviato da realtebo
scusatemi se mi inserisco, deduco che questo sia un progetto di calcolo distribuito, avendo ADSL vorrei unirmi... da dove partire ?
Benvenuto e buon inizio di scaccolo! :D
Tutte le informazioni necessarie le trovi su uesto forum, nella sezione Distributed Computing Projects (in cui sei già...) ;)

Puppauz
12-07-2003, 13.09.51
Originariamente inviato da the real weasle
...cut...
La proteina si chiama modello 10 ed è l'ultima di questa serie.
...cut...

Ma dopo di questa potremmo aver finito col vaiolo o ce ne saranno ancora? :confused:
Beh, comunque buono scaccolo! ;)

Puppauz
12-07-2003, 13.26.44
Forse ho trovato da solo la risposta alla mia domanda...
Dal sito dell'università di Oxford:
Q. How long will the project last?

We don’t know the answer to this until we start. We will be using the LigandFit drug discovery software, to screen 35 million molecules against 9 protein models. The similar Anthrax project, which used the THINK software, took 23 days to screen 3.5 billion molecules against 1 protein target.
In totale i modelli dovrebbero essere 9 (a meno che non ne aggiungano altri), perciò dovremmo aver quasi finito... ;)

the real weasle
19-07-2003, 09.30.03
Dal forum ufficiale: vicini alla fine del vaiolo. (http://forum.ud.com/ubbcgi/ultimatebb.cgi?ubb=get_topic;f=6;t=008188;p=2)

Sembra che stiamo per finire il vaiolo. Ci manca ancora una proteina e stiamo rilavorando delle proteine vecchie. Io l'ho notato con UD Monitor che avevo ancora in cache delle M8 che una volta rispedite indietro non sono diventate M10.
Orbi-Tel il guru del forum ufficiale dice che stiamo rielaborando delle proteine vecchie magari dove Oxford University vuole vederci più chiaro o dove magari non abbiamo spedito indietro un numero sufficientemente alto di risultati validi.
Questo si che è una buona notizia!!!

TyDany
19-07-2003, 12.49.33
(Y) Ne sono contento anche se io ho preferito concentrarmi sulla ricerca principale ;)

Puppauz
19-07-2003, 14.07.35
Originariamente inviato da the real weasle
Dal forum ufficiale: vicini alla fine del vaiolo. (http://forum.ud.com/ubbcgi/ultimatebb.cgi?ubb=get_topic;f=6;t=008188;p=2)

Sembra che stiamo per finire il vaiolo.
Non avevo sbagliato di molto! :D ;)

Jekol
21-07-2003, 08.44.39
Originariamente inviato da Puppauz

Non avevo sbagliato di molto! :D ;)


(Y) :cool: (Y)

the real weasle
22-07-2003, 07.20.33
Nuova proteina per il cancro... (io non ne vedo da... inizio maggio

:mad: )

Si chiama 1flt ed ha 70 ligand per unità.
Il file della proteina si chiama ud_4587239, quindi chi ha UD monitor dovrebbe aggiungere la seguente sotto la voce PROTEINS:

4587239=LF:1FLT

Saluti,
TRW

PS: Questo non significa che abbiamo finito il vaiolo, ma solo per quelli che hanno scelto di fare solo la ricerca sul cancro.

Jekol
22-07-2003, 08.42.29
Originariamente inviato da the real weasle

.....
Il file della proteina si chiama ud_4587239, quindi chi ha UD monitor dovrebbe aggiungere la seguente sotto la voce PROTEINS:

4587239=LF:1FLT

.....


Ciao TRW,
quando hai 5 minuti mi spieghi un pò meglio questo passaggio ???

E' la terza volta che lo leggo da te ma non sono riuscito a seguire le istruzioni :confused:

Sharok
22-07-2003, 09.40.03
Ciao Jekol te lo spiego io al volo :)
Copia 4587239=LF:1FLT, apri il file ud_mon.ini che si trova nella stesa directory di ud_mon.exe e, sotto la voce [Proteins], aggiungici il valore che hai copiato ;)

Tutto quì :)

Sharok

the real weasle
22-07-2003, 09.47.18
Ciao Jekol,
Ci provo...

Praticamente le cache di UD Monitor ti fanno vedere su quale proteina stai lavorando. Esistono altri modi tecnici ma sono complessi e non le ho mai considerate in quanto non capisco.

Se apri UD Monitor e vai sulla linguetta cache vedrai le slot che ti sei creato con il seguente formato:
WU xxxxxxx (xkb)LF-SPOX-M10, 16/07 22:45
Dove x sono dei numeri.

Ogni volta che analizziamo una proteina nuova il PC scarica il file della proteina (lunghezza variabile ma anche di 200-300kb invece delle solite 40-60kb). Per ogni PC o cache lo scarica una volta soltanto.
La lettura del file della proteina permette a UD Monitor di identificarla.

Nel esempio sopra la proteina sara un file che si chiama ud_4587239 senza estensione. UD monitor legge questo file e nella cache te lo fa vedere come

WU xxxxxxx (xkb)LF:1FLT, 22/07 22:45

Questo ti permette di capire a quale proteina stai faccendo CRUNCH!

Come apportare la modifica:
Nella directory dove hai installato UD Monitor avrai un file che si chiama ud_mon.ini
Aprila con un text editor (word, notepad ecc)
Ti troverai una sezione:
[Proteins] con un sacco di numeri:
2610237=LF-SPOX-M2
2940551=LF-SPOX-M3
2940552=LF-SPOX-M4
2940553=LF-SPOX-M6
2940554=LF-SPOX-M8
2940555=LF-SPOX-M10
4587239=LF:1FLT

Basta inserire di volta in volta la riga in modo che UD Monitor sappia su quale proteina stai lavorando.

Questo è bello ma:
C'è un problema. UD Monitor legge sempre l'ultima proteina scaricata in termini di tempo.
Quindi se ti arrivasse una SpoxM-10 seguito dalla nuova proteina 1FLT e poi di nuovo una SpoxM-10 il tuo sistema ti direbbe sempre che stai lavorando su quella più nuova e quindi la 1FLT.

Normalmente le proteine si susseguono in ordine di tempo, prima facciamo la 1 poi la 2 ecc, ma qualche volta ti può dare dei risultati errati.
Non è assolutamente un problema in quanto UD cruncha sempre, ma è una curiosità... Tutto qui.

Spero che questo ti aiuti -ho paura che confondi sempre di più!!!!

Vedo che Sharok mi ha preceduto.... :p

Jekol
22-07-2003, 10.07.31
Grazie ragazzi ;)

chiarissimi e preziosissimi ... come sempre (Y)

.. una sola domanda .... ma il file .ini posso editarlo mentre il programma (UdMonitor) è in esecuzione ??? :confused:

Jekol
22-07-2003, 10.15.41
Non ho saputo resistere :p ... cmq, tutto funziona a meraviglia ;)


p.s.: stavo per fare la solita figuraccia: non vedevo il file .ini ... ... e poi mi sono ricordato di aver nascosto i file di sistema :o
:eek:

the real weasle
22-07-2003, 13.37.07
Originariamente inviato da Jekol
ma il file .ini posso editarlo mentre il programma (UdMonitor) è in esecuzione ??? :confused:

Io per non saper leggere ne scrivere chiudo sempre UD.Monitor, edito il file e poi la rilancio. Non perdo neanche un secondo di tempo prezioso di crunchamento!:D :S

the real weasle
22-07-2003, 13.46.10
Mea Culpa.

Il guru del forum ufficiale mi ha corretto. La nuova proteina è una re-edizione della prima serie, pertanto si chiama VEGF e quindi la riga da inserire nel file UD Monitor è
4587239=LF:VEGF

Versione mal-di-testa !!!qui! (http://forum.ud.com/ubbcgi/ultimatebb.cgi?ubb=get_topic;f=6;t=006774;p=13#000 495) :eek:

Scusate lo sbaglio.

Jekol: puoi fare pratica

Jekol
22-07-2003, 13.52.56
Originariamente inviato da the real weasle

....

Jekol: puoi fare pratica


... e dillo che l'hai fatto apposta :anger: :p :D :D :D

Sharok
22-07-2003, 15.43.14
Originariamente inviato da the real weasle

[cut]
4587239=LF:VEGF

[cut]

:eek: :eek: :eek:
:S :S :S

the real weasle
26-07-2003, 09.03.40
Ieri sera è uscita l'ultima proteina per il vaiolo:

A new smallpox protein is released today. It is called internally Human Enzyme by UD (Human Reconstituted DNA Topoisomerase I - 1A31).

The new protein has 110 ligands per WU and the protein data file (resdata) is ud_4587302.

The timeouts for the WUs have not changed: 336 hours (14 days) CPU and 504 hours (21 days) wallclock. See the main post in this thread for details about what these mean.

UD monitor users should add the following to their [proteins] section of UD_MON.ini

4587302=LF: SPOX-HRDNA

This is the last of the smallpox proteins UD have been asked to process.

Per quelli con UD Monitor la riga da inserire è quella in nerretto.

Un altra decina di giorni e avremmo finito il vaiolo! Ma io sarò in ferie....

Puppauz
26-07-2003, 12.09.17
Originariamente inviato da the real weasle
Un altra decina di giorni e avremmo finito il vaiolo! Ma io sarò in ferie....
Sono contento che finisca il vaiolo, così ci possiamo ributtare a capofitto sul cancro... ;)
Mi piace solo non essere a casa quando annunceranno la fine... :(

TyDany
26-07-2003, 12.25.48
Bene bene così tornate a massacrare il cancro :S :)

Jekol
28-07-2003, 09.03.49
Concordo :anger: (W)

Puppauz
23-08-2003, 02.03.29
Nuova proteina riguardante il cancro (sarà distribuita a breve)
I'm about to activate a new cancer protein. This is an additional protein that Oxford would like to run for cancer. The protein is 1o9k.

Timings for this new protein are averaging 1 hour per ligand on a P3 1GHz. This of course may vary from workunit to workunit. Workunits are 20 ligands in size. Time outs have been set at the 14day and 21 day normal setting.

The protein file will be ud_4953961.

Also at the same time I have reduced smallpox priority as we are finalizing work. Priority should start to favor cancer once again. More info on smallpox will come at a later date. Pare abbastanza pesante...
E' molto interessante anche l'ultima riga...
Ridotta la priorità per il Vaiolo perchè stiamo per finire il progetto!
Ulteriori info saranno date più avanti...
;)

the real weasle
23-08-2003, 09.09.02
Grande !!!

TyDany
23-08-2003, 11.46.00
Bene (Y), qui siamo pronti a darci sotto :o :p