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Visualizza versione completa : LigandFit?


numerone
28-06-2002, 00.51.26
Mi é arivata una mail dall'UD Agent che dice:

"You are receiving this e-mail because our records indicate you downloaded software from the Intel web site and are participating in the Intel-United Devices Cancer Research project.

As previously announced, the application used for this project will change from THINK to LigandFit by the end of June. This is only a change of application and does not affect the basic nature of the research being done. You will notice a change to your device profile. In the "Current Distributed Computing Projects" section of your device profile, we will be adding "United Devices Cancer Research Project, phase II" under "Primary Projects", so you will see two primary projects listed for a short time. In the coming weeks we will remove the "Intel-United Devices Cancer Research Project" from the list.

This does not change your control over the projects you run. You will always be told what projects are running and have the option to opt-out of a project.

Thank you for your support and participation.

Regards,
United Devices Member Services
members.ud.com"

Chi sa dirmi qualcosa di più?:rolleyes:

Jekol
28-06-2002, 15.26.20
Oberdan ne aveva parlato qui (http://www.msni.it/forum/showthread.php?s=&threadid=35784&perpage=10&pagenumber=2) ;)

cserra
28-06-2002, 16.08.45
Questo Liganfit sembra abbastanza sfiziusiello, anche se le "controindicazioni" sembrano parecchie.
Ora ho un P4 1.8 Ghz che sta macinando ed ho un po' di fifa in quanto dubito fortemente che UDMon riesca a raccapezzarci qualcosa.
Anche con questo software la gestione dei checkpoint e' alquanto criptica e faragginosa cosi' come e' posssibile evincerlo dalle qui riportate Known Issues.

Known Issues and General Info for LigandFit version NT_0.1.1 (2809)

General Info:

LigandFit starts by running an Energy Grid calculation.
LigandFit checkpoints after every Ligand.
When restarting from checkpoint LigandFit must run the energy grid calculation again.
LigandFit uses OpenGl to display graphics. All versions of Windows 98 and above ship with an OpenGL software dll. If you find yourself in need of an updated OpenGL dll check out http://www.opengl.org.
While graphics are displayed the UD.exe will use some CPU to perform the graphics. UD.exe will not take this extra cpu time if the LigandFit graphics are not displayed.
If you have minimal free RAM or VM no Graphics will be displayed, but instead a static graphics that looks like the banner at http://www.chem.ox.ac.uk/curecancer.html.
You Must have 32MB RAM minimum to participate.
LigandFit workunits can be up to 150K in size. Current workunits have 300 Ligands in each workunit.
The First resdata is 63K in size.
LigandFit results are larger than previous projects. Current expectations are in the range of 500K. Workunits are expected to be ~20 hours in length. We are working to find ways of making this a smaller upload.

Known Issues:

When restarting from a checkpoint the Ligand progress count will display 0 of 300 not the location you left off on. This will change once the next Ligand is reached. On the main page the percent complete and cpu time do start and show percent and time when restarting from checkpoint. We are working to fix this behavior so it shows the Ligand you left off on (ie 40 of 300.)
There is currently no display of the protein name or description. We are working to provide this.
Ligand 3D structure does not display Chlorine properly. It will show up grey like Carbon. This is only a display issue. A Fix in progress.
It is possible to detach the Task graphics screen. To correct Minimize the Task graphics window and the UD agent window. If you minimize the UD Agent before Minimizing the Task graphics it is possible to get a Run-time error '384' by clicking on other button in the Task Graphics Window. The agent will terminate when clearing the error window. Fix is in progress.
A pause when switching to task graphics screen exists. The switch to the task graphics is not instant and it can take a few seconds on a decent machine and a little longer on slower machines for the graphics page to display. We are looking for ways to continue to speed this up.

hankmccoy
28-06-2002, 21.28.30
Ecco uno screenshot di Ligandfit

albyz
28-06-2002, 21.40.40
DOVE??:confused: :confused: :confused:

Lionsquid
28-06-2002, 23.58.27
anch'io....

dopo 6 reset e conseguente perdita di circa 50 ore di calcolo mi sono girate,..... è ho ranzato via la proteina :anger:


mi sono ritrovato il Ligandfit

UD monitor non sembra accorgersi che UD sta macinando...funzionerà???? :confused:

vediamo se riesco ad allegare....visto i problemi recenti....


:( niente! ancora non hanno sistemato...

Oberdan
29-06-2002, 19.34.37
Ho lasciato il PC incustodito per un paio di giorni e, al mio rientro, ho constatato che UD Agent aveva fatto autonomamente l'upgrade a LigandFit, che ora sta scaccolando a tutta manetta. ;)
Il software riprende tranquillamente il lavoro dal punto in cui era stato interrotto, ma effettivamente c'è, almeno al momento, la palla al piede dell'Energy Grid Calculation che viene comunque rieffettuato ad ogni riavvio del client.
Concordo pienamente con Cicci sul fatto che UD Monitor, così com'è ora, non sia in grado di effettuare un backup corretto e quindi nemmenu un giusto ripristino in caso di necessità.
Invece credo che non abbiamo elementi sufficienti per dire quale sia la situazione dei checkpoints: se sia ancora bislacca e schizoide, come in precedenza, o se sia stata rivista e corretta.

In ogni caso mi pare che ai fini della ricerca le cose siano incoraggianti e che il progetto prosegua con successo! Speriamo bene!!! :)

cserra
29-06-2002, 21.06.25
Ue' Oby!

anch'io ho lasciato un po' di macchine incustodite negli ultimi giorni e le ho trovate che avevano fatto un'innumerevole quantita' di tentativi di scaricare qualcosa dai server UD, beccandosi puntualmente gli "unable to connect"... :crying:

Tra l'altro ho avuto modo di monitorare almeno un results del Ligandfit e la pessima novita' e' che il results da rispedire e' piu' di 6 (incomprimibili) megabytes!!!

Questo fatto (ammesso che i server funzionino a dovere) mi sgarra i timings di UD DialUp attualmente settati a 10' max., il notebook ha impiegato piu' di 20' tra il sending ed il recieving della nuova caccola. (S)

Occhiometricamente parlando mi sembra che UD sia diventato alquanto dispendioso per chi ha una connessione Dial Up non Flat! :wall:

Salumi a tutti.

Lionsquid
30-06-2002, 02.00.31
Originariamente inviato da cserra
Ue' Oby!

anch'io ho lasciato un po' di macchine incustodite negli ultimi giorni e le ho trovate che avevano fatto un'innumerevole quantita' di tentativi di scaricare qualcosa dai server UD, beccandosi puntualmente gli "unable to connect"... :crying:

Tra l'altro ho avuto modo di monitorare almeno un results del Ligandfit e la pessima novita' e' che il results da rispedire e' piu' di 6 (incomprimibili) megabytes!!!
...........




:eek:

vero, anche la mia è di 5622Kb....cavoli!!

da ben 4 ore non si connette...meno male che ho ancora l'ADSl gratis...ma effettivamente, in dial up ci vuole una fortuna :S

speriamo che "confezionino" caccole + piccole....

bye

PS... Ho perso tutte le caccole (PTP) sul server :(:(.... ho fatto il backup a mano delle restanti 3 PTP... :D

cserra
30-06-2002, 02.47.31
Murphy docet,

quella in DialUp da 6Mb, quella sull'Adsl casalinga 1.9Mb!

Comunque non riesco a mandare neanche questa...

Sono pero' riuscito ad aggiornare pochi minuti fa l'ultima device rimastami in Ligandfit.

Quindi i problemi dei server sono abbastanza random...

Vedo che anche il notebook ha terminato un result_0 da ben 6.9Mb e per mandare questo mi conviene farmi buddista :inn:

Salam

P.S. Oby con i tuoi immensi moderatorici poteri non e' che potresti aggiungere una "d" nel subject? Non credo che numerone se ne abbia a male... :S

numerone
30-06-2002, 04.15.49
Assolutamente no,
appena ho letto di liganDfit mi sono preoccupato in quanto ho rilasciato il mio primo programma semiserio (un gioco di briscola) che vive "in simbosi" con l'UD Agent e mi sono preoccupato di dover aggiornare tutto. :p

Cmq ho fatto l'aggiornamento a Lingandfit e risulta tutto ok.

Chi l'avrebbe mai detto che Cicci e "sorrenticchio" avrebbero avuto modo di leggersi online?

:eek: :p :D :) :cool:

Oberdan
30-06-2002, 14.56.07
Vediamo di cominciare a fare un po' di chiarezza su questa seconda fase del progetto (LigandFit):

[list=a]
Al momento, a dispetto di quanto annunciato dallo staff di UD, le dimensioni del file contenente i risultati dell'elaborazione, sono del tutto variabili e purtroppo notevolmente maggiori dei 500Kb annunciati. :(
Probabilmente proprio per questa ragione e a causa del contemporaneo aggiornamento dei clients stiamo sperimentando estenuanti attese nell'inviare e ricevere dati ai e dai servers (personalmente ho atteso dalle 11 di ieri mattina fino alle 8.10 di oggi :eek: ).
L'attuale versione di UD Monitor (1.7.5c), insomma quella che abbiamo usato fino ad ora, è perfettamente in grado di fare il backup e il restore anche di LigandFit. Potete fidarvi, l'ho provato di persona e funzia! :)
Per i curiosi e gli ansiosi... Non vi sono dichiarazioni ufficiali sulla durata di questa seconda fase. Sui vari forums dedicati al nostro progetto sono state fatte stime e controstime di ogni ordine e grado; ma la conclusione più frequente di tutte queste elucubrazioni, ovvero che basterebbero un paio di mesi per completare il lavoro, non mi convince affatto. ;-)
[/list=a]

Bene! Al momento penso non vi sia altro degno di nota.
Ahhhhh si... dimenticavo:

Scaccolate a manetta e non fatevi abbattere da qualche problema! ;) (Y) (W)

albyz
30-06-2002, 17.28.20
Senz'altro;):);)(W) (W)

ClipperItaly
01-07-2002, 15.50.56
Originariamente inviato da Oberdan
[list=a]
Probabilmente proprio per questa ragione e a causa del contemporaneo aggiornamento dei clients stiamo sperimentando estenuanti attese nell'inviare e ricevere dati ai e dai servers (personalmente ho atteso dalle 11 di ieri mattina fino alle 8.10 di oggi :eek: ).[/list=a]....i 2 pc in ufficio, connessi 24/24 stanno cercando di aggiornarsi rispettivamente uno dalle 17:50 del 28/6 e l'altro dalle 9:49 del 29/6...:mad: :mad: :( :(

A casa, invece, li ho spenti, dopo un intero weekend di inutile attesa dell'aggiornamento...(S)

Oberdan
01-07-2002, 19.09.46
Fossi in te adesso riproverei, nonno Clipper. :)
Dai ascolto allo zio Oby, che a quanto pare hanno tolto il tappo; almeno quello grosso di sicuro! ;) (Y)

ClipperItaly
01-07-2002, 22.16.12
Originariamente inviato da Oberdan
Fossi in te adesso riproverei, nonno Clipper. :)
Dai ascolto allo zio Oby, che a quanto pare hanno tolto il tappo; almeno quello grosso di sicuro! ;) (Y) ...qua in ufficio i client continuano a tentare la connessione, ma ancora niente da fare..... :mad:
...questa sera riprovero' con quelli di casa....

vaxxo
02-07-2002, 01.11.46
Da casa mia ne ho spedite 2, ma non è riuscito a scaricare i 400Kb e passa di nuova caccola!!!!

:mad:

Mentre scrivevo ne stava scaricando una da 790794 che si chiama ...... no è una ligand

Ne ho scaricata 1 in un'ora miiii che bello, quasi quasi torno a folding at home!

numerone
02-07-2002, 02.30.37
Problemi random sui server della UD.
Ho disinstallato e reinstallato l'agent per farmi i 28 giorni rimanenti di Think, però non riesce a loggare :S (W) :wall:

Oberdan
02-07-2002, 13.11.27
Originariamente inviato da vaxxo
Mentre scrivevo ne stava scaricando una da 790794 che si chiama ...... no è una ligand

Quello da circa 800Kb era un aggiornamento del client e non una WU ;)
Cmq confermo che i server stanno ancora andando un po' a singhiozzo, ma decisamente molto meglio dei giorni scorsi.

vaxxo
02-07-2002, 15.11.14
In realtà ne ho spedite 2 e ricevuta 1.

Non mi sembra stia andando meglio!!

Anche perchè ho provato stamattina alle 7.20 ..... ma niente!!

albyz
02-07-2002, 17.22.48
Originariamente inviato da Oberdan


Quello da circa 800Kb era un aggiornamento del client e non una WU ;)
Cmq confermo che i server stanno ancora andando un po' a singhiozzo, ma decisamente molto meglio dei giorni scorsi.

Decisamente io ieri alle 22.35 avevo finito di scaccolare e al secondo tentativo di connessione l'avevo già spedita e ne stavo ricevendo una................................... se avessi provato una settimana fa.................. adesso ero ancora qui a impazzire:p

vaxxo
02-07-2002, 18.14.00
Originariamente inviato da albyz


Decisamente io ieri alle 22.35 avevo finito di scaccolare e al secondo tentativo di connessione l'avevo già spedita e ne stavo ricevendo una................................... se avessi provato una settimana fa.................. adesso ero ancora qui a impazzire:p

Bel modo di dirmi che sono sfigato!!!! :mad: (Y)

albyz
02-07-2002, 18.20.50
Scusa vaxxo nn era assolutamente mia intenzione dirti che sei sfigato nn l'ho neanche pensato minimamente, se in qualche modo te la sei presa ti chiedo scusa.:(

vaxxo
02-07-2002, 20.03.09
Originariamente inviato da albyz
Scusa vaxxo nn era assolutamente mia intenzione dirti che sei sfigato nn l'ho neanche pensato minimamente, se in qualche modo te la sei presa ti chiedo scusa.:(

No no! non me la sono presa....
Anche perchè é una questione oggettiva: se uno riesce a mandare le caccole ha culo, altrimento è un po' sfigato! Trattasi di verso: anteriore e posteriore!

Ciao!

Oberdan
02-07-2002, 23.14.57
Originariamente inviato da vaxxo


Trattasi di verso: anteriore e posteriore!

Ma falla finita! :)
Semplicemente in questi giorni tra aggiornamenti, aggiornamenti degli aggiornamenti del client e caccole di dimensioni stratosferiche (almeno questa cosa l'hanno patchata con l'ultimo upgrade) i servers sono sotto stress e trovare un momento favorevole è una vera lotteria. ;)

vaxxo
02-07-2002, 23.32.18
Originariamente inviato da Oberdan


Ma falla finita! :)
Semplicemente in questi giorni tra aggiornamenti, aggiornamenti degli aggiornamenti del client e caccole di dimensioni stratosferiche (almeno questa cosa l'hanno patchata con l'ultimo upgrade) i servers sono sotto stress e trovare un momento favorevole è una vera lotteria. ;)

E tu alla lotteria vinci perchè 6 bravo .... :D

Oberdan
02-07-2002, 23.35.26
Originariamente inviato da vaxxo


E tu alla lotteria vinci perchè 6 bravo .... :D
Naturalmente! E che altro sennò? :D :p :D

vaxxo
02-07-2002, 23.50.31
Adesso modifico il mo profilo e ti copio questo : "Dai una missione al tuo PC aiutando la ricerca sul cancro! "

Oberdan
03-07-2002, 01.04.29
Originariamente inviato da vaxxo
Adesso modifico il mo profilo e ti copio questo...
Ottimo: fai pure! :) (F)

numerone
03-07-2002, 05.31.26
In effetti la situazione é migliorata.
Ho impiegato 3 giorni a fare il log, e solo mezza giornata per spedire il ligand. :eek: :D

Oberdan
03-07-2002, 13.38.36
Originariamente inviato da numerone
In effetti la situazione é migliorata...

La pazienza è la virtù dei forti. Shakespeare ;) :rolleyes:

numerone
04-07-2002, 01.20.07
Come non detto.
Oggi mi chiede di nuovo il login senza che io abbia modificato una cippa. :wall: (S)

A chi di voi é capitato?

robur00
04-07-2002, 04.44.45
A me oggi ha fatto passare al ligandfit scaricando quella bestia di proteina in tutta tranquillità: non è poco! :)

indiano2
05-07-2002, 06.20.27
augh, :confused:
quelle maledette proteine ke sembrano di plastica, non danno alcun avanzamento, non hanno nome, così enormi ke paion mangiare l'anima del processore:anger: xkè nel mio "nuovissimo" olivetti M24, 133mmx non compaiono? Solo un banner (anke se continua a scaccolare) ke dice "screen saver"?

Jekol
05-07-2002, 23.00.59
Originariamente inviato da indiano2
augh, :confused:
quelle maledette proteine ke sembrano di plastica, non danno alcun avanzamento, non hanno nome, così enormi ke paion mangiare l'anima del processore ......

...... e sono anche molto stitiche di punti :eek: :p :D

indiano2
06-07-2002, 05.52.30
Ok Jekol
Falqui?
Tisane?
Olio di ricino?
Ma scaccoliamo và.......
tanto paghiamo sempre noi (B)

vaxxo
06-07-2002, 20.36.31
Tutto ancora molto lentoooooooo!
Mi sa che le caccole rimarrano nel mio PC molto a lungo!
Non riesce proprio a connettersi....

vaxxo
06-07-2002, 20.41.52
Originariamente inviato da vaxxo
Tutto ancora molto lentoooooooo!
Mi sa che le caccole rimarrano nel mio PC molto a lungo!
Non riesce proprio a connettersi....

Beh, mi devo lamentare + spesso: mentre scrivevo sono riuscito a scaricarne una!

Oberdan
06-07-2002, 21.28.22
Originariamente inviato da vaxxo


Beh, mi devo lamentare + spesso: mentre scrivevo sono riuscito a scaricarne una!
:) Visto? :)
E allora sei autorizzato alle lamentazioni, con licenza speciale a fini scaramantici! :D :p (Y)

albyz
06-07-2002, 23.20.20
Originariamente inviato da indiano2
Ok Jekol
Falqui?
Tisane?
Olio di ricino?........................................

:D:D:D

vaxxo
11-07-2002, 05.21.21
Originariamente inviato da Oberdan

:) Visto? :)
E allora sei autorizzato alle lamentazioni, con licenza speciale a fini scaramantici! :D :p (Y)

Uffa, svegliati, dai muoviti o server dei miei stivali! Dai DAI !

(Lamentazioni)

indiano2
12-07-2002, 05.32.05
Hei vaxxo, :p se hai bisogno di uno Sciamano dimmelo, io e :rolleyes: Manitou siamo in contatto:D :D :D

GiuFor
10-09-2002, 22.16.10
Ragà.. non sò voi ma io è una vita che scaccolo la stessa molecola con il Ligandfit...:confused:

Lionsquid
11-09-2002, 03.55.44
:eek:

io ne butto fuori 1 ogni 2 giorni circa... ( 18h circa )

Puppauz
13-09-2002, 04.32.42
Per aumentare un po' le statistiche sul mio Athlon 1900+ (non overclokkato) sforno 1 caccola in 4 ore e 20/30 circa...

Per quanto riguarda il fatto che si stanno scaccolando sempre le stesse molecole é vero...
In queste settimane e si prevede almeno fino alla terza settimana di settembre, stiamo eseguendo dei cicli infiniti sulle stesse molecole e proteine... Non é inutile il lavoro fatto però! Serve a loro per migliorare il software (la prossima release é attesa appunto tra un paio di settimane) per poi effettuare lo scaccolamento vero e proprio di tutte le molecole...
Spero di essere stato chiaro... :)

Per maggiori informazioni consultate il forum di UD!!! ;)

Lionsquid
13-09-2002, 07.26.05
;) chiarissimo

Jekol
13-09-2002, 15.22.33
Grazie delle utilissime info ;)


Quindi, tra un paio di settimane, ricomincerà il tormentone dei Backing-off per sovraffollamento dei server (S)

vaxxo
13-09-2002, 15.27.17
Originariamente inviato da Jekol
Grazie delle utilissime info ;)


Quindi, tra un paio di settimane, ricomincerà il tormentone dei Backing-off per sovraffollamento dei server (S)

Con la conseguente Perdita di tempo, l'altra volta ho aspettato un sacco prima di potermi collegare la prima volta al server e scaricare la prima caccola con la versione attuale.

Puppauz
13-09-2002, 21.41.13
Questa é la news apparsa il 28 agosto

"The Cancer Research Project utilizes "cutting-edge" science, which means we must try a solution, evaluate the results and make adjustments. At this particular time, we are running infinite redundancy on a particular protein to make a few final adjustments to the LigandFit application. As soon as these adjustments are finalized, which should be in about three weeks from now, we will release an enhanced version of LigandFit. Your processing time is not being wasted. It is helping us more quickly fine tune the application to produce the best results to turn over to Oxford. The present project plan calls for a minimum of all hits generated by phase 1 to be screened against the twelve proteins, we expect the project to last well into 2003. We appreciate your patience and assure you the work you are doing is legitimate and is helping to advance the project to its final stages."
:)

GiuFor
02-10-2002, 11.46.08
Ecco! Finalmente dopo mese e mesi ho capito un pò il funzionamento del LigandFit.

Grazie "Puppauz"! (Y)

Puppauz
02-10-2002, 20.12.09
Ora pero' quelli di UD iniziano a farsi attendere un po' troppo per la nuova release, e quindi per l'inizio vero e proprio dello scaccolamento per il LigandFit...
Penso sia meglio che si diano una mossa, altrimenti perderanno una sacco di utenti... :(

Puppauz
26-10-2002, 14.58.56
Finalmente dopo un po' di tempo, Moose si fatto sentire...
Promettono modifiche che faranno contento sia l'utente finale che chi maneggerà i dati finali...
Comunque per le versione definitiva del LigandFit c'é da aspettare ancora qualche settimana...
Stiamo a vedere... :)

vaxxo
26-10-2002, 18.34.09
Sperom!

Jekol
28-10-2002, 15.35.57
Attendiamo fiduciosi
(S) ;)

Puppauz
08-11-2002, 00.00.20
Altro nuovo aggiornamento sul forum di UD... La data si avvicina sempre più e da quanto hanno scritto stanno passando le ultime modifiche ai beta tester. Purtroppo però non c'é una data precisa per il rilascio...
L'unica cosa é seguire il loro forum oppure attendere che qualcosa succeda al client... :)

Jekol
10-11-2002, 13.01.33
Originariamente inviato da Puppauz

L'unica cosa é seguire il loro forum oppure attendere che qualcosa succeda al client... :)


... oppure, aspettare le news da Puppauz ;)


p.s.: grazie per le utilissime info :)

Puppauz
15-11-2002, 17.12.07
On November 19, 2002 we will begin using the upgraded version of LigandFit. The upgrade process requires no server down time to implement and should be almost un-noticeable, your UD Agent will simply download the new files when it connects to the UD server. However, the download time may be a bit longer.

Some of the differences you will notice when using the upgraded version of LigandFit include: smaller work units, longer run times for work units and smaller result files being returned.


Finalmente hanno programmato la data di inizio dello scaccolamento vero! 19 novembre!
E come potete leggere le caccole saranno meno pesanti da scaricare e restituire ma un po' più lunghe da elaborare... ;)