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Visualizza versione completa : Come funziona UD AGENT


GRIGIO
07-02-2002, 16.30.46
Breve guida su come funziona UD AGENT

La schermata del programma è divisa in tre parti fondamentali.
La prima quella più estesa mostra una serie di molecole tridimensionali formate da atomi (rappresentati da sfere colorate) uniti tra di loro mediante i legami (rappresentati da delle stanghette).
La seconda, in alto a destra mostra la proteina sulla quale viene testata la molecola a fianco.
La terza, in basso a destra, mostra i cinque elementi

Ossigeno – rosso
Carbonio – grigio
Idrogeno – bianco
Azoto – blu
Zolfo – giallo canarino

che sono quelli che formano la maggior parte della materia. La sesta pallina (verde) rappresenta tutti i restanti atomi.

La nostra molecola, che ha un nome, (Current Molecule: ……….) viene fatta interagire con la proteina obbiettivo (target). Ogni interazione viene chiamata conformer. Ogni volta che una interazione risulta positiva viene registrato un successo (hit) che rappresenta lo scopo della ricerca.

L’ultimo numero del nome della nostra molecola ci può aiutare a capire quando ci sara un salvataggio dei dati. Infatti ogni volta che il progressivo arriva a 100 THINK registra un salvataggio.

Un saluto a tutti da GRIGIO

Jekol
07-02-2002, 19.03.38
Originariamente inviato da GRIGIO
.... L’ultimo numero del nome della nostra molecola ci può aiutare a capire quando ci sara un salvataggio dei dati. Infatti ogni volta che il progressivo arriva a 100 THINK registra un salvataggio.


Scusa Grigio, questa non l'ho capita :o

ClipperItaly
08-02-2002, 00.27.48
Originariamente inviato da Jekol


Scusa Grigio, questa non l'ho capita :o
Nel rettangolo nero grande, in alto a sinistra, dopo la scritta "Current Molecule" c'e' una serie di numeri; sulla proteina che sto elaborando adesso c'e', ad esempio, 1-1000-151-xx, dove i primi 3 gruppi di numeri indicano la molecola base e xx le varianti: xx va da 1 a 100.

Arrivati a 100 cambiano i primi 3 gruppi e si ricomincia.

L'avanzamento non e' lineare, a volte l'Agent puo' stare su una molecola anche una giornata e piu'...

GRIGIO
08-02-2002, 09.45.26
Quando "xx" arriva a 100 viene effettuato un salvataggio nella maggior parte dei casi. Questo lo si può verificare utilizzando UDStast.

Jekol
08-02-2002, 10.50.56
Tutto chiaro, grazie :)


P.S.: ciao Clipper, piacere di rileggerti ;)

ClipperItaly
08-02-2002, 23.22.52
Ciao Jekol, anche se scrivo poco, sono sempre qua a scaccolare con gli amici del Team di WinTricks...:) :)

GRIGIO
11-02-2002, 13.51.34
Ho trovato all'indirizzo

http://teamitalia.ciaoitalia.ws/downloads.htm

una spiegazione migliore della mia su come funziona UDAgent.
Consiglio a tutti quanti di leggerla e poi commentarla su questo forum.

CIAO a tutti da GRIGIO